El CISPES, que desplegó más de 25 observadores y observadoras, señaló que a pesar de las diferentes formas de votar, y la complejidad que esto representa, las personas pudieron ejercer su derecho al voto. Así lo dijo Ruth Walters:

Otros de los elementos señalados por CISPES fueron las reformas al sistema electoral por parte de la Sala de lo Constitucional, que modificaron las formas de conformar las Juntas Receptoras de Votos y afectaron la instalación de las mismas.

Por su parte, el Centro de Intercambio y Solidaridad (CIS) compartió el señalamiento del CISPES, respecto a las acciones de la Sala Constitucional. Leslie Should coordinadora del CIS agregó el caso de Ulises Rivas:

Además, el CIS señaló que uno de los datos preocupantes es el alto porcentaje de ausentismo y de votos nulos.

Por su parte, observadores independientes señalaron como irregularidad del proceso la inducción al voto por parte de partidos políticos el día de las elecciones, una de las prohibiciones establecidas en el Código Electoral.

El señalamiento es concretamente contra el partido ARENA en San Salvador, a quienes se les denuncia por entregar víveres en las cercanías de los centros de votación invitando a votar por el candidato Ernesto Muyshontd.